В 1961 году Учреждение создано как Тогучинская школа-интернат, которая была открыта на основании решения исполнительного комитета Тогучинского районного Совета депутатов трудящихся от 07.07.1961 № 193.
В 1996 году Тогучинская школа-интернат реорганизована в образовательный комплекс «Детский дом – средняя школа» на основании постановления администрации Тогучинского района Новосибирской области от 19.06.1996 № 194.
В 1997 году образовательный комплекс «Детский дом – средняя школа» переименован в «Детский дом – школу» на основании постановления главы территориальной администрации Тогучинского района Новосибирской области от 08.08.1997 № 345/1.
В 1998 году Учреждение получило статус государственного на основании постановления главы территориальной администрации Тогучинского района Новосибирской области от 18.03.1998 № 114.
В 1999 году учреждено государственное образовательное учреждение для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей – Тогучинский детский дом №2, образованный путем разделения государственного образовательного учреждения для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей «Тогучинского детского дома – школы» на основании постановления главы территориальной администрации Тогучинского района Новосибирской области от 05.04.1999 № 141.
В 2004 году утверждена новая редакция Устава областного государственного образовательного учреждения для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей - Тогучинского детского дома № 2 на основании постановления главы территориальной администрации Тогучинского района Новосибирской области от 23.03.2004 № 36.
В 2005 году Учреждение переименовано в муниципальное образовательное учреждение для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей Тогучинского района - Тогучинский детский дом № 2 на основании постановления Главы Тогучинского района Новосибирской области от 08.07.2005 № 118.
В 2009 году Учреждение переименовано в муниципальное бюджетное образовательное учреждение для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей Тогучинского района - Тогучинский детский дом № 2 на основании постановления Главы Тогучинского района Новосибирской области от 13.05.2009 № 403.
В 2011 году создано муниципальное казенное образовательное учреждение для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей Тогучинского района - Тогучинский детский дом № 2 в соответствии с Гражданским кодексом Российской Федерации, на основании постановления администрации Тогучинского района Новосибирской области от 14.03.2011 № 269 «О мерах по созданию муниципальных казенных учреждений Тогучинского района Новосибирской области путем изменения типа существующих муниципальных бюджетных учреждений Тогучинского района Новосибирской области».
В 2013 году утверждена новая редакция Устава с наименованием Учреждения: муниципальное казенное учреждение для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей Тогучинского района «Тогучинский детский дом № 2» на основании постановления администрации Тогучинского района Новосибирской области от 24.12.2013 № 1769.
В 2015 году утверждена новая редакция Устава с наименованием Учреждения: муниципальное казенное учреждение Тогучинского района «Центр помощи детям-сиротам и детям, оставшимся без попечения родителей» в соответствии с постановлением администрации Тогучинского района Новосибирской области от 31.08.2015 № 824.
В 2016 году внесены изменения в Устав и в наименование муниципального казенного учреждения Тогучинского района «Центр помощи детям-сиротам и детям, оставшимся без попечения родителей»: муниципальное казённое учреждение Тогучинского района «Центр помощи детям, оставшимся без попечения родителей» на основании постановления администрации Тогучинского района Новосибирской области от 10.10.2016 № 763.
